Štúdium črevného mikrobiómu pacientov s ulceróznou kolitídou

Vo svete pribúda stále viac ľudí trpiacich nepríjemnými tráviacimi problémami a ťažkosťami. Častou príčinou týchto závažných ťažkostí sú nešpecifické črevné zápalové ochorenia, medzi ktoré patria najmä ulcerózna kolitída (UK) a Crohnova choroba (CD). Črevné zápalové ochorenia sú charakterizované chronickým a recidivujúcim črevným zápalom. Ulcerózna kolitída je zápalové ochorenie sliznice hrubého čreva prejavujúceho sa zápalom a drobnými vredovými léziami na črevnej sliznici, čo vedie ku krvácaniu v hrubom čreve a konečníku.

Presné okolnosti vzniku črevných zápalových ochorení nie sú doposiaľ úplne objasnené, avšak vieme, že dôležitú úlohu zohrávajú genetické faktory, prostredie, životný štýl a stravovacie návyky a pravdepodobne aj črevná mikrobiota [2]. V súčasnosti sa na liečbu črevných zápalových ochorení používa päť hlavných tried liečív: kotritkosteroidy, imunomodulátory, aminosalicyláty, antibiotiká a rôzne formy biologickej terapie [3]. Samotná liečba predovšetkým antibiotikami je spojená s narušením diverzity a rovnováhy prirodzenej črevnej mikrobioty, ktorá má, ako sa zistilo, dôležitý význam pre celkove zdravie a obranyschopnosť organizmu [4]. Preskúmanie rozdielov medzi zložením črevnej mikrobioty zdravých jedincov a pacientov s ulceróznou kolitídou môže pomôcť pri dizajnovaní menej invazívnych terapeutických postupov a metód na báze probiotík a tiež pri prístupoch personalizovanej medicíny.

Naša štúdia sa zameriava na porovnanie zloženia a štruktúry črevného mikrobiómu pacientov s ulceróznou kolitídou (n=15; priemerný vek 40) a zdravých dobrovoľníkov (n=15; priemerný vek 29) využitím molekulárno-biologických metód PCR-DGGE, real-time qPCR a sekvenovania novej generácie.

Výsledky PCR-DGGE analýz ukázali zníženie celkovej diverzity všetkých baktérií (Eubacteria), a najmä v dominantných skupinách Bacteroidetes a Clostridium-Roseburia pozorujeme v skupine pacientov s ulceróznou kolitídou črty dysbiózy, ktorú javí každý jedinec individuálnym spôsobom. Výsledky kvantitatívnej real-time PCR pre počet celkových baktérií (Eubacteria) vo vzorkách skupiny UC je signifikantne znížená početnosť 16S rRNA oproti skupine K. Výsledky sekvenovania novej generácie podporujú výsledky analýz PCR-DGGE a RT qPCR na kvalitatívnej aj kvantitatívnej úrovni. Výsledky tejto práce sú zaujímavé, ale je dôležité pokračovať v zbere a analýze podrobnejších dát.

Táto práca vznikla s podporou projektov APVV-16-0176 a VVGS-2019-1226.

[1] Matsuoka K., Kanai T. (2015) Semin. Immunopathol. 37(1), p. 47.
[2] Abraham C., Cho J. H. (2009) N. Engl. J. Med. 361(21), p. 2066.
[3] Crohn’s & Colitis Foundation. [Citované 19. apríl 2020] http://www.http://ibdmedicationguide.org/browse
[4] Jernberg, C., Löfmark, S., (2010) Microbiology, 156(11), pp.3216-3223.