Dynamika črevného mikrobiómu zdravého človeka počas deviatich mesiacov
| Authors: |
Luboš Ambro 1
Anna Kamlárová 1
René Link 1
Martin Novotný 2
Gábor Beke 3
Alojz Bomba 1
1 Ústav experimentálnej medicíny, Lekárska fakulta, Univerzita Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach, Trieda SNP 1, 040 11, Košice, Slovensko 2 Klinika infektológie a cestovnej medicíny, Univerzitná nemocnica Louisa Pasteura v Košiciach, Rastislavova 43, 040 01, Košice, Slovensko 3 Ústav molekulárnej biológie, Slovenská akadémia vied, Dúbravská cesta 21, 845 51 Bratislava, Slovensko |
|---|---|
| Year: | 2020 |
| Section: | Open section |
| Abstract No.: | 2049 |
| ISBN: | 978-80-972360-6-9 |
Črevný mikrobióm človeka plní dôležitú úlohu v rôznych fyziologických procesoch a v zdraví hostiteľa (1). Zahŕňa 500 – 1100 bakteriálnych druhov (2) a počas života človeka sa dynamicky mení (3). Cieľom tejto štúdie bolo zmapovať dynamiku bakteriálnej diverzity črevného mikrobiómu jedného probanda (muž, vek 34 r) a tak prispieť k lepšiemu pochopeniu jeho dynamiky. Pre účely tejto štúdie sa analyzovalo 6 vzoriek stolice odobratých počas dlhšieho obdobia v priebehu roka 2019, ktoré boli využité ako inokulačný materiál pre iné in vitro a in vivo pokusy. Pre analýzu mikrobiómu boli použité dva nezávislé postupy. NGS analýza bakteriálneho 16S metagenómu bola uskutočnená pomocou platformy Illumina MiSeq a mikrobiálne profily vzoriek sme stanovili aj pomocou PCR-DGGE. Analýza sekvenačných dát bola zameraná predovšetkým na bakteriálne kmene Bacteroidetes a Firmicutes. Ukázalo sa, že štruktúra črevného mikrobiómu probanda je počas sledovaného obdobia veľmi stabilná. Anaeróbne bakteriálne druhy dvoch majoritne zastúpených kmeňov Bacteroidetes a Firmicutes tvorili 78 – 91 % z celkového počtu baktérií. Rodové a druhové zastúpenie baktérií vykazovalo menšiu dynamiku v rámci kmeňa Bacteroidetes, kde zároveň dominovali druhy rodu Bacteroides, Parabacteroides, Alistipes a Barnesiella (spolu tvorili 53 – 62 % mikrobiómu). Najväčšiu druhovú rozmanitosť sme pozorovali pri kmeni Firmicutes so zreteľnou dominanciou druhov radu Clostridiales. Okrem toho bola v rámci kmeňa Firmicutes zaznamenaná najväčšia dynamika druhového zastúpenia. Uvedená štúdia dynamiky črevného mikrobiómu človeka naďalej pokračuje a plánuje sa rozšíriť o ďalších zdravých probandov, ale aj o pacientov s kolitídou vyvolanou toxigénnymi kmeňmi Clostridioides difficile, ktorí absolvovali transplantáciu fekálnej mikrobioty.
2. Hooper, L. V., & Gordon, J. I.: Commensal host-bacterial relationships in the gut. Science. 2001; 292(5519):1115-8.
3. Huttenhower, C., Gevers, D., Knight, R., Abubucker, S., Badger, J. H., Chinwalla, A. T., et. al.: Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. Nature. 2012; 486(7402):207-14.