Dostupné molekulárne metódy použiteľné v rámci surveillance kmeňov Clostridioides difficile na Slovensku

Authors: Tatiana Havrilová 1    Elena Nováková 1   
1 Jesseniova lekárska fakulta UK, Ústav mikrobiológie a imunológie, Martin, Slovensko   
Year: 2020
Section: Cellular metabolism, physiology, molecular biology and genetics
Abstract No.: 1964
ISBN: 978-80-972360-6-9

V roku 2016 bolo v Európe zachytených 7 711 prípadov infekcie Clostridioides (C.) difficile, z čoho 5 756 prípadov (74,6%) boli infekcie asociované so zdravotnou starostlivosťou. Ostávajúcich 1955 prípadov (25,4%) boli buď asociované s komunitnou infekciou alebo ich pôvod nie je známy. Diagnostické postupy odporúčané ESCMID (European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases) majú vysokú diagnostickú presnosť. Typizácia kmeňov C.difficile s neznámou virulenciou pomôže v identifikácií kmeňov a zároveň umožní monitorovať virulentné kmene v Európe. Z pohľadu verejného zdravotníctva sú prevencia a kontrola základnými bodmi ochrany ľudského zdravia pred infekciami.

Dostupné molekulárne metódy môžeme rozdeliť na princípe vzniku bandov(píkov) alebo na princípe sekvenácie. Z aktuálnych literárnych zdrojov predstavujú molekulárne metódy na princípe sekvenácie vhodnejšie metódy na fylogenetickú analýzu určujúcu evolúciu patogéna a jeho prenos nielen v zdravotníctve, ale aj v rámci sveta. Ich nevýhodou je vysoká cena potrebná na sekvenáciu viacerých cieľov v genóme. Doposiaľ sú štandardizované len metódy na princípe bandov ako PCR-ribotypizácia alebo PFGE. Do budúcna je pravdepodobné, že do popredia pôjdu molekulárne metódy na princípe sekvenácie pre ich výbornú diskriminačnú schopnosť, ľahkú interpretáciu a pomerne dobrú medzi-laboratórnu spoluprácu. Cieľom našej práce do budúcnosti je aplikácia molekulárnej typizácie na Slovensku s úmyslom kontrolovať a zaznamenávať viruletné kmene klostrídií.







[1] Knetsch CW, Lawley TD, Hensgens MP, Corver J, Wilcox MW, Kuijper EJ. (2013). Current application and future perspectives of molecular typing methods to study Clostridium difficile infections, Euro Surveill. 2013; 18(4):20381.

[2] Janezic, S., Rupnik, M. (2019). Development and Implementation of Whole Genome Sequencing-Based Typing Schemes for Clostridioides difficile. Front Public Health, 7, 309. https://doi.org/10.3389/fpubh.2019.00309.

[3] Iancu LS, Carlan AF, Ursu RG. (2017). Clostridium difficile infection diagnosis by biological molecular methods. IntechOpen. Ch. 4 UR. https://doi.org/10.5772/intechopen.68692