Úseky ROH ako indikátory intenzity selekcie na genóm kombinovaných plemien chovaných na Slovensku

Authors: Barbora Olšanská 1    Radovan Kasarda 1    Nina Moravčíková 1   
1 Slovenská poľnohospodárske Univerzita v Nitre, Fakulta agrobiológie a potravinových zdrojov, Katedra genetiky a plemenárskej biológie, Nitra, Slovensko   
Year: 2019
Section: Cellular metabolism, physiology, molecular biology and genetics
Abstract No.: 1826
ISBN: 978-80-972360-4-5

Cieľom tejto štúdie bolo analyzovať dĺžku homozygotných úsekov (ROH segmentov) v genóme kombinovaných plemien dobytka, chovaných na Slovensku. Analyzovali sme slovenský strakatý a slovenský pinzgauský dobytok, ako naše dve autochtónne plemená. Ďalej boli analyzované aj plemená holštajn, simentál a ayrshire, ktoré boli v minulosti využívané na zošľachťovanie vyššie spomínaných kombinovaných plemien. V rámci analýzy boli hodnotené ROH úseky >4Mb, ktoré reprezentujú približne posledných 12 generácií predkov. Údaje o genóme pre celkovo 420 zvierat boli získané pomocou dvoch platforiem: Illumina Bovine SNP50v2 BeadChip a ICBF International Dairy a Beef v3. Po kontrole kvality genotypovaných dát databáza obsahovala 35934 SNP markerov. Priemerná dĺžka homozygotných úsekov v rámci autozómov bola: 7,12 Mb v prípade slovenského strakatého dobytka, 8,59 Mb slovenského pinzgauského dobytka, 10,45 Mb u plemena holštajn, 8,8 Mb u plemena simentál a 9,1 Mb u plemena ayrshire. Najdlhší homozygotný úsek bol pozorovaný u plemena ayrshire (15,62 Mb) a najkratší homozygotný úsek bol pozorovaný u plemena holštajn (6,11 Mb). Najsilnejší vplyv selekcie, reflektujúcej chovný cieľ hodnotených plemien, bol v prípade slovenského strakatého dobytka zistený pre chromozóm 5 a 6, u slovenského pinzgauského dobytka to bol chromozóm 6, u plemena holštajn chromozóm 13, u plemena simentál chromozóm 9 a u plemena ayrshire bol najsilnejší selekčný signál lokalizovaný na chromozóme 19. V týchto oblastiach sa u dobytka nachádzajú gény ovplyvňujúce imunitu (IL7R), produkciu hovädzieho mäsa (MYLK), sfarbenie srsti (KIT) a produkciu mlieka (GCG). Výsledky teda preukázali, že selekcia pôsobí zmeny prevažne v oblastiach QTL lokusov podieľajúcich sa na genetickej kontrole produkcie mlieka, mäsa, rozvoja svalov a reprodukcie.

Táto práca vznikla s podporou projektov APVV-14-0054, APVV-17-0060 a VEGA (1/0742/17).