Analýza proteómu trombocytov-optimalizácia extrakčnej metódy
| Authors: |
Erika Semančíková 1
Soňa Tkáčiková 1
Ivan Talian 1
Ján Sabo 1
1 Univerzita P.J. Šafárika, LF, Ústav lekárskej a klinickej biofyziky, Košice, Slovensko |
|---|---|
| Year: | 2016 |
| Section: | Utilization of instrumental methods in the analysis of biologically important substances |
| Abstract No.: | 1419 |
| ISBN: | 978-80-972360-0-7 |
Ľudská krv je tvorená zmesou krvnej plazmy a bunkových komponentov (45%). Trombocyty (krvné doštičky) ako bezjadrové bunky hrajú dôležitú úlohu nielen v procese koagulácie krvi, ale majú podiel aj na potláčaní zápalových procesov a pri hojení rán. Vzhľadom na fakt, že bolo nájdených veľa podobností medzi centrálnym nervovým systémom a biológiou trombocytov, sledovanie zmien proteómu trombocytov môže nájsť ďalšie využitie aj v neurológii a psychiatrii.
Cieľom tejto práce bolo optimalizovať metódu extrakcie proteínov z trombocytov pri extrakcii trombocytov z periférnej krvi. V prvej fáze extrakcie bol optimalizovaný centrifugačný postup získavania trombocytov z periférnej krvi a v druhom kroku boli porovnané viaceré postupy lyzácie trombocytov s následným zrážaním acetónom a etanolom. Koncentrácia extrahovaných proteínov bola stanovená skúškou podľa Bradforda. Kritériom pre výber metódy bola najvyššia koncentrácia získaných proteínov a kompatibilita s nasledovnou analýzou na hmotnostnom spektrometri (zhášanie signálu a zanášanie ihly elektrospreja). Pre identifikáciu extrahovaných proteínov bol zvolený tzv. bottom-up prístup, t. j. proteíny boli pred identifikáciou hmotnostnou spektrometriou digestované trypsínom v roztoku.
Dosiahnuté výsledky môžu byť odrazovým mostíkom pre všetkých, ktorí začínajú s proteomickou analýzou trombocytov a budú nasledované ďalšou proteomickou analýzou trombocytov za účelom nájdenia korelácie medzi proteómom zdravej referencie a zmenou proteómu u suicidálnych pacientov.
[2] Donovan LE, Dammer EB, Duong DM, Hanfelt JJ, Levey AI, Seyfried NT, James JL. Exploring the potential of the platelet membrane proteome as a source of peripheral biomarkers for Alzheimer’s disease. Alzheimer’s Research & Therapy 2013; 5: 32.
[3] Kececi Y, Ozsu S, Bilgir O. A Cost-Effective Method for Obtaining Standard Platelet-Rich Plasma. Wounds 2014; 26(8): 232-238.
[4] Volpi E, Giusti L, Ciregia F, Da Valle Y, Giannaccini G, Berti S, Clerico A, Lucacchini A. Platelet proteome and clopidogrel response in patients with stable angina undergoing percutaneous coronary intervention. Clinical Biochemistry 2012; 45: 758–765.
[5] Greening DW, Glenister KM, Kapp EA, Moritz RL, Sparrow RL, Lynch GW, Simpson RJ. Comparison of human platelet membrane-cytoskeletal proteins with the plasma proteome: Towards understanding the platelet-plasma nexus. Proteomics Clin. Appl 2008; 2: 63–77.