Rýchla identifikácia drevorozkladajúcich húb rodu Ganoderma na základe ITS-PCR-RFLP analýzy restrikčnou endonukleázou BsuRI
Authors: |
Terézia Gašparcová 1
Svetlana Gáperová 1
Peter Pristaš 2
Ján Gáper 3,4
1 Univerzita Mateja Bela, Fakulta prírodných vied, Katedra biológie a ekológie, Banská Bystrica, Slovenská republika 2 Univerzita Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach, Prírodovedecká fakulta, Ústav biologických a ekologických vied, Katedra mikrobiológie, Košice, Slovenská republika 3 Technická univerzita, Fakulta ekológie a environmentalistiky, Katedra biológie a všeobecnej ekológie, Zvolen, Slovenská republika 4 Ostravská univerzita, Přírodovědecká fakulta, Katedra biologie a ekologie, Ostrava, Česká republika |
---|---|
Year: | 2016 |
Section: | Cellular metabolism, physiology, molecular biology and genetics |
Abstract No.: | 1387 |
ISBN: | 978-80-972360-0-7 |
Drevorozkladajúce trúdniky z rodu Ganoderma patria k významným pôvodcom hnilôb dreva živých drevín. Z územia Slovenska sú známe druhy: Ganoderma lipsiense (Batsch) G. F. Atk., Ganoderma australe (Fr.) Pat., Ganoderma carnosum Pat., Ganoderma pfeifferi Bres., Ganoderma lucidum (Curtis) P. Karst., Ganoderma resinaceum Boud., a Ganoderma valesiacum Boud. (Gáperová, 2001). Klasická identifikácia drevorozkladajúcich húb je založená hlavne na analýze a porovnaní anatomicko-morfologických charakteristík plodníc. V súčasnosti sú pri identifikácii húb tohto rodu v zahraničí stále viac využívané molekulárne metódy (Wang et al., 2009; Nusaibah et al., 2011; Wang et al., 2012; Cao et al., 2012; Zhou et al., 2015). Na Slovensku boli pomocou molekulárnej analýzy (ITS-PCR-RFLP) doteraz študované len dva druhy Ganoderma lipsiense a Ganoderma australe (Pristaš a Gáperová, 2001).
Cieľom tejto štúdie bolo na základe ITS-PCR-RFLP analýzy vyvinúť rýchlu metódu pre identifikáciu týchto, klasickými metódami, niekedy len obtiažne identifikovateľných húb.
V štúdii sme analyzovali sedem vzoriek plodníc rodu Ganoderma, pochádzajúcich z rôznych lokalít a patriacich do štyroch druhov. Plodnice sme determinovali na základe anatomicko-morfologických charakteristík. Z čistých kultúr získaných z plodníc sme izolovali DNA a pomocou špecifických primérov amplifikovali ITS medzerník.
Použitím restrikčnej endonukleázy BsuRI v ITS-PCR-RFLP analýze sme získali druhovo špecifické RFLP profily druhov Ganoderma carnosum, G. pfeifferi, G. lipsiense a G. australe. Vo všetkých prípadoch sme pozorovali perfektnú koreláciu medzi výsledkami ITS-PCR-RFLP analýzy a anatomicko-morfologickou charakteristikou plodníc. Analýzou štyroch izolátov G. lipsiense sme nedetegovali žiadnu vnútrodruhovú variabilitu.
Na základe našich pozorovaní môžeme predpokladať, že ITS-PCR-RFLP analýza už jednou restrikčnou endonukleázou je schopná rozlíšiť druhy rodu Ganoderma a predstavuje tak rýchlu alternatívnu metódu k náročnej anatomicko-morfologickej analýze. Pre overenie možností tejto metódy na rozlišovanie druhov rodu Ganoderma sú potrebné ďalšie experimenty.
- [1] Cao, Y., Wu, S.-H., Dai, Y.-Ch., 2012: Species clarification of the prize medicinal Ganoderma mushroom ‘‘Lingzhi’’. Fungal Diversity, 56, 49–62.
[2] Gáperová, S., 2001: Synantropné druhy v rode Ganoderma. Acta Facultatis Ecologiae, 8, 93–98.
[3] Nusaibah, S.A., Latiffah, Z., Hassaan, A.R., 2011: ITS-PCR-RFLP Analysis of Ganoderma sp. Infecting Industrial Crops. Pertanika Journal of Tropical Agricultural Science, 34, 83–91.
[4] Pristaš, P., Gáperová, S., 2001: K možnostiam využitia metódy PCR v mykológii. Polymerázová reťazová reakcia a jej použitie v biologickom výskume a diagnostike. Košice : Ústav fyziológie hospodárskych zvierat SAV, 2001, 158–163.
[5] Wang, D.-M., Wu, S.-H., Su, C.-H., Peng, J.-T., Shih, Y.-H., Chen, L.-CH., 2009: Ganoderma multipileum, the correct name for ‘G. lucidum’ in tropical Asia. Botanical Studies, 50, 451–458.
[6] Wang, X.-C., Xi, R.-J., Li, Y., Wang, D.-M., Yao, Y.-J., 2012: The Species Identity of the Widely Cultivated Ganoderma, ‘G. lucidum’ (Ling-zhi), in China. PLOS ONE, 7, e40857.
[7] Zhou, L.-W., Cao, Y., Wu, S.-H., Vlasák, J., Li, D.-W., Li, M.-J., Dai, Y.-CH., 2015: Global diversity of the Ganoderma lucidum complex (Ganodermataceae, Polyporales) inferred from morphology and multilocus phylogeny. Phytochemistry, 114, 7–15.