Metódy typizácie, identifikácia a stanovenie hydrolytických vlastností baktérií z extrémofilných prostredí
| Authors: |
Tomáš Grivalský 1
Nikoleta Šaková 2
Andrea Puškárová 1
Mária Bučková 1
Lucia Kraková 1
Domenico Pangallo 1
1 Ústav molekulárnej biológie SAV, Bratislava 2 Fakulta chemickej a potravinárskej technológie, STU, Bratislava |
|---|---|
| Year: | 2014 |
| Section: | Cellular metabolism, physiology, molecular biology and genetics |
| Abstract No.: | 1092 |
| ISBN: | 978-80-970712-6-4 |
V našej práci sa zaoberáme identifikovaním baktérií z extrémnych prostredí termálnych a studených vôd na Slovensku a určením a využitím ich hydrolytických vlastností. V súčasnosti existujú rôzne metódy umožňujúce identifikovať a charakterizovať významné mikroorganizmy z environmentálnych prostredí, no ich rozvoj je stále dôležitý pre rýchlu, dôkladnú a nenáročnú analýzu vzoriek pre vedecké, potravinárske, biotechnologické, či lekárske účely. Mnohé mikroorganizmy a ich hydrolytické vlastnosti si našli uplatnenie v rôznych odvetviach priemyslu. Významné sú termofilné mikroorganizmy a ich enzýmy a to najmä kvôli stabilite enzýmov pri vysokých teplotách, väčšej odolnosti proti chemickým denaturačným činidlám a zabráneniu kontaminácie [1]. Rôzne typy mikrobiálnych spoločenstiev a enzýmov ako sú ich amylázy, lipázy proteázy, keratinázy, či celulázy sa využívajú v potravinárskom, kozmetickom, farmaceutickom, papierenskom priemysle pri spracovaní odpadu a výrobe biopalív.
Izoláty sme zíkali z Dunaja v oblasti Chorvátskeho ramena pri teplote vody 4°C a termálneho prameňa v Gabčíkove pri teplote vody 55°C. Využitím typizačných metód RAMP-PCR, Ker-PCR, ITS-PCR a sekvenovaním génov 16S rDNA, gyrB a rpoB sme identifikovali baktérie na úrovni kmeňov a zároveň porovnali účnnosti týchto techník. V súčasnosti najbežnejšia identifikačná metóda, ktorou je sekvenovanie 16S rDNA bola v niektorých prípadoch nepostačujúca, a to aj na identifikáciu niektorých vzoriek na úrovni druhov. Sekvenovanie ostatných génov ukázalo predpokladanú bližšiu identifikáciu, avšak nevýhoda spočíva v menšej databáze týchto génov. Najlepšia typizačná metóda sa ukázala RAMP-PCR. Zároveň sme stanovili hydrolytické aktivity izolátov metódou tvorby zón okolo kolónií. Izoláty sme testovali na sekréciu proteáz, keratináz, lipáz, esteráz, amyláz, celuláz a tiež aj v súčasnosti pre biotechnologické účely snubných depolymeráz, konkrétne na médiách určujúcich degradáciu.